Koncem každého kalendářního roku probíhá sběr statistických dat pro potřeby hodnocení a pro sestavení výroční zprávy. Protože struktura dat se prakticky nemění a tento sběr provádíme dlouhodobě, máme k dispozici spojité časové řady nejméně od roku 1994.

Údaje ve výroční zprávě dovolují podrobné hodnocení jednotlivých fakult, jejich vzájemné porovnání včetně výkonnosti v jednotlivých ukazatelích. Současně je však nutno upozornit na rozdílný charakter vědecko-výzkumné práce na jednotlivých fakultách a obtížnost srovnatelnosti pouze v číselných údajích. Standardně probíhá dále hodnocení ve formě obhajob činnosti výzkumných center, výzkumných záměrů, grantových projektů a všech ostatních účelově financovaných projektů. Součástí hodnocení jsou rovněž pravidelně opakovaná konkurzní řízení všech akademických pracovníků v intervalech 3 až 5 let. Na to navazuje akreditační řízení pro studijní programy, habilitační a profesorská řízení. Součástí hodnocení jsou obhajoby disertačních prací doktorandů, habilitační řízení a jmenovací profesorská řízení.

Cenným zdrojem informací ve výzkumné i vzdělávací oblasti je rozsáhlý informační systém MU a další databáze v oblasti VaV.