Studium informatiky na Fakultě informatiky MU je koncipováno jako studium univerzitního typu, stavějící na vědecké průpravě a teoretických základech oboru. Systém studia na Fakultě informatiky je v maximální míře otevřený vzhledem ke studentům a  možnostem volby jejich zaměření podle individuálních zájmů. Na fakultě byl nadále rozvíjen administrativní systém na bázi Intranetu, který se stal východiskem pro návrh a vývoj informačního systému MU. V roce 1998 byla dokončena rekonstrukce budovy na Botanické 68a, která je sídlem Fakulty informatiky. Rekonstrukce si vyžádala celkové náklady převyšující 80 milionů Kč.

V září 1998 došlo na Fakultě informatiky ke změně ve vedení. Prof. RNDr. Jiří Zlatuška, CSc., historicky první děkan Fakulty informatiky, se stal rektorem MU. Novým děkanem fakulty se stal doc. RNDr. Luděk Matyska, CSc.

Akademičtí pracovníci Fakulty informatiky pracují aktivně ve výzkumu, zahrnujícím oblasti, které navazují na bezprostředně úspěšné projekty.  Tyto projekty se realizují v rámci grantů na národní úrovni, jakož i participací na běžících projektech mezinárodních. V roce 1998 vědecká rada fakulty schválila návrhy na 3 dlouhodobé výzkumné záměry: „Nesekvenční modely výpočtů", „Interakce člověka s počítačem, dia logové systémy a asistivní technologie" a „Aplikace počítačového zpracování obrazu v mikroskopii". Další oblasti, ve kterých akademičtí pracovníci fakulty aktivně výzkumně pracují, jsou zejména: Teoretická informatika,  systémy založené na specifikacích, softwarové inženýrství a metodologie programování,  počítačové sítě,   elektronická sazba a příprava publikací, vědecké výpočty a vizualizace dat, informační systémy, multimediální systémy a dopady rozvoje IT obecně.   Fakulta informatiky byla přímým řešitelským pracovištěm jednoho komplexního projektu GAČR orientovaného na výzkum ve virtuální realitě a dvou dlouhodobých grantů z programu rozvoje vědy MŠMT zaměřených na aplikace spojené s přirozeným jazykem a komunikací v něm a na zpracování prostorových obrazů odrážejících genetické informace v buňkách. Akademičtí pracovníci Fakulty informatiky dále řešili 5 grantů GAČR, z toho dva jako spoluřešitelé, 2 granty z Fondu rozvoje vysokých škol a 5 grantů ostatních, včetně zahraničních. Získané granty představují celkový objem 11 milionů Kč.
Vědeckou činnost na fakultě výrazně posílilo uvedení do provozu 5 specializovaných výzkumných laboratoří, které byly vybaveny zejména z grantových prostředků: Laboratoř zpracování přirozeného jazyka, Laboratoř interakcí člověka s počítačem, Laboratoř fonetiky, Laboratoř akustiky a  Laboratoř cytometrie s vysokým rozlišením. Na výzkumných aktivitách  laboratoří se vedle postgraduálních studentů  mají možnost ve značné míře podílet i nejlepší studenti  magisterského studia.

V roce 1998 byla fakulta hostitelem federované konference MFCS/CSL, která byla počtem účastníků i přednášek největší a nejvýznamnější evropskou konferencí v dosavadní historii teoretické informatiky vůbec. Současně probíhaly dvě pravidelné každoroční konference: MFCS’ 98 (Mathematical Foundations of Computer Science) a CSL’ 98 (Computer Science Logic) a dále pak 12 workshopů. Celkový počet účastníků byl 375, program obsahoval 285 přednášek. Náš student Mgr. Jiří Srba získal na této prestižní konferenci cenu za nejlepší studentský příspěvek. Další velmi úspěšnou akcí mezinárodního významu, kterou pořádala fakulta informatiky v roce 1998, byl workshop TEXT, SPEECH and DIALOGUE – TSD' 98. Workshop byl věnován problematice počítačového zpracování přirozeného jazyka, korpusům, textům, rozpoznávání a syntéze řeči a jejich vzájemnému propojení v dialogových systémech využívajících přirozeného jazyka. Jednání konference se zúčastnilo 79 badatelů z 24 zemí.

Fakulta pořádá Informatické kolokvium, které je zaměřeno na prezentaci nejnovějších výsledků výzkumu a vývoje v informatice. V rámci kolokvia předneslo své přednášky 8 zahraničních hostů. Pracovníci fakulty rovněž aktivně participovali na 19 významných mezinárodních konferencích a kongresech konaných v zahraničí a na 12 obdobných akcích v ČR.

Fakulta v současné době poskytuje vzdělání v rámci studijních programů na bakalářské, magisterské i doktorské úrovni. Řada předmětů studijních programů je organizována v součinnosti s Přírodovědeckou fakultou MU (zejména matematika), ve studiu učitelských kombinací se pak jedná o mezifakultní studium. Posluchači odborného studia mají jako hlavní studijní obor informatiku s vedlejším oborem zaměření (specializací). Fakulta informatiky umožňuje absolvovat studium odborné informatiky ve dvou formách – buď v praktičtěji zaměřeném bakalářském studiu nebo v náročnějším a teoretičtěji zaměřeném magisterském studiu. Základní kurzy se pro obě tyto formy ze značné míře překrývají a je umožněn pružný způsob přechodu mezi nimi. Magisterské studium předpokládá splnění jistých kvalifikačních předpokladů ke konci třetího ročníku, které zároveň umožní získání bakalářského titulu i studentům, kteří pokračují dál ve studiu magisterském (získaný bakalářský titul studentům umožňuje rovněž přechod na vyšší formy studia na jiných vysokých školách doma nebo v zahraničí).
Zvýšená pozornost byla v uplynulém roce věnována doktorskému studiu informatiky, kterému přikládá fakulta značnou důležitost. Zájem o tuto formu studia neustále narůstá. Fakulta se snaží vytvářet studentům co nejlepší podmínky pro zapojení do výzkumných projektů a očekává vědecké výsledky v podobě kvalitních disertačních prací a publikaci, zveřejňovaných v renomovaných zahraničních časopisech nebo recenzovaných sbornících.
Ve všech formách výuky fakulta používá kreditní systém studia zahrnující v sobě kombinaci předmětů povinných pro zvolený typ studia, předmětů specializací a předmětů doplňkově zapisovaných  studenty samými podle vlastních odborných preferencí.

Dvacet sedm pracovníků fakulty působí ve výborech mezinárodních konferencí, ve výborech mezinárodních profesionálních společností a v redakčních radách odborných periodik. Devět pracovníků fakulty bylo pozváno na studijní a přednáškové pobyty v zahraničí a na fakultě působili tři zahraniční přednášející.

Pokračovala aktivní a dlouhodobá spolupráce v oblasti teoretického výzkumu s City University London (U.K.), univerzitou v Namuru (Belgie) a Technickou univerzitou v Mnichově (SRN). Velice úspěšná byla rovněž spolupráce s RAL (Ratherford Appleton Laboratory, U.K.)  v rámci programu COPERNICUS na řešení projektu HYPERMEDATA. Pokračovala spolupráce na projektu EC EuroWordNet 2 (EC Telematics) s univerzitami v Amsterodamu, Pise, Sheffieldu a dalšími. Aktivní je spolupráce s univerzitami v Oxfordu (U.K.) a v Heidelbergu (SRN) při řešení problematiky analýzy obrazů v cytometrii.
V roce 1998 uskutečnili pracovníci fakulty 70 zahraničních cest, z toho více než polovinu představovaly výjezdy spojené s aktivní účastí na konferencích. Fakultu navštívilo 23 zahraničních hostů. Pracovníci fakulty působí ve funkci členů výborů IFIP, IEEE CZ, TUG (TeX User Group), ACM Chapter CZ a ERCIM.

Pracovníci fakulty publikovali v roce 1998 celkem 142 prací, 60 v zahraničí a 82 v tuzemsku. Bylo publikováno 8 monografií (6 v zahraničí), 62 prací v recenzovaných sbornících nebo časopisech  s impakt faktorem. Ostatní práce měly popularizační charakter, charakter skript apod. Osm pracovníků fakulty  bylo redaktory sborníků z mezinárodních konferencí.

Osobnosti, kterým byly uděleny čestné doktoráty, medaile a jiná ocenění Prof. RNDr. Jozef Gruska, DrSc. získal cenu rektora MU a cenu Slovenského literárního fondu za svoji monografii Foundations of Computing. Mgr. Antonín Kučera, Dr. obdržel Čestné uznání ministra školství mládeže a tělovýchovy ČR za výzkum v oblasti souběžných procesů. Cenou rektora MU za vynikající studijní výsledky byli dále oceněni Mgr. Petr Konečný a Mgr. Jiří Srba. Za mimořádné výsledky v doktorském studiu byl cenou rektora MU oceněn Mgr. Michal Kozubek, Dr.