Archiv Masarykovy univerzity je integrální součástí sítě veřejných archivů České republiky, do níž je zařazen jako archiv zvláštního významu. Zároveň je základním historiografickým pracovištěm pro dějiny Masarykovy univerzity a pro historii vědních oborů na ní zastoupených. Do sběrného okruhu archivu patří zejména dokumentace trvalé historické a správní hodnoty, vzniklá z činnosti univerzity, fakult a dalších organizačních součástí univerzity. Významnými skupinami fondů uložených v archivu jsou také písemné pozůstalosti (osobní fondy) vědeckých a pedagogických osobností, které v minulosti na univerzitě působily, a také dokumentace vědeckých a stavovských spolků a společností a společenských organizací, jejichž činnost souvisela s Masarykovou univerzitou. Na konci roku 2003 archiv pečoval o 26 tzv. úředních fondů, o 104 pozůstalostí, o 41 fondů spolků a společenských organizací a o 10 archivních sbírek (historická dokumentace, fotografie, videozáznamy, audiozáznamy, medaile, obrazy a bysty, diplomy) o celkovém rozsahu 1900 b. m. Akviziční činnost v současné době značně komplikuje kritický nedostatek depozitních prostor, v jehož důsledku musí být přejímání písemností do archivu omezováno. Práce archivu na úseku pořádání a inventarizace archivních fondů byla v roce 2003 negativně ovlivněna rozsáhlými stavebními úpravami v centrále archivu v budově Právnické fakulty. Vzhledem k nevyhovujícím pracovním podmínkám tak mohly být zpracovávány jen archivní celky menšího rozsahu či fondy s jednodušší strukturou. Zpřístupněn byl velmi cenný osobní fond filozofa Josefa Šafaříka, na němž v rámci studentské soutěže pořádané Českou archivní společností pracovala pod vedením ředitele archivu posluchačka FF J. Plosová. Inventarizován byl i fond Pedagogického institutu v Jihlavě a výrazně pokročily práce na zpřístupnění nejrozsáhlejšího osobního fondu v Archivu MU, písemné pozůstalosti fyziologa Vladislava Kruty, k němuž archiv získal v roce 2003 nové přírůstky.
V oblasti rešeršní služby prudce narůstá počet žádostí o vystavování výpisů zkoušek a studijních programů, což souvisí jednak se zvýšenou mobilitou absolventů univerzity (vystavování podkladů pro uznání studia v zahraničí), ale také s požadavky orgánů státní správy, ministerstva spravedlnosti (výkazy prospěchu pro uchazeče o justiční službu) a ministerstva vnitra (vystavování podkladů pro uznávání kvalifikace ve státní správě). Výrazně vzrostl i počet žádostí o zpracování odborných historických rešerší.
Vzhledem k dlouhodobému uzavření badatelny poklesl v roce 2003 počet badatelů v archivu. V naléhavých případech archiv poskytoval badatelské služby v náhradních prostorách. Rozsáhlý výzkum v archivu prováděl vědecký pracovník VI. pařížské univerzity Laurent Mazliak, který zpracovával korespondenci francouzských fyziků s profesorem Hostinským.
Vlastní badatelská činnost pracovníků archivu vyústila v roce 2003 do vydání publikace Kapitoly z dějin univerzitního školství na Moravě v letech 1945-1990, výstupu grantového úkolu brněnských a olomouckých autorů. Péčí Ústavu dějin Univerzity Karlovy vyšla publikace Profesor Václav Chytil a uranové doly, která přenáší edici vězeňských textů profesora Právnické fakulty MU krutě postiženého komunistickým režimem v padesátých letech. Na knize se archiv podílel jak výběrem písemností z osobního fondu této významné osobnosti MU, tak i autorsky. Ve stadiu závěrečných příprav je i edice třetího dílu pamětí prof. Františka Weyra z jeho osobního fondu, která má v roce 2004 vyjít v nakladatelství Atlantis. Pro potřeby Univerzity 3. věku byl v archivu zpracován stručný přehled dějin MU. Dále pokračovala spolupráce archivu s ÚVT při přípravě digitalizace fotografií z archivních sbírek a při zpracování galerií rektorů a děkanů pro webové stránky univerzity. Dlouhodobě archiv spolupracuje s Muzeem Města Brna při přípravě Encyklopedie města Brna.
Ředitel archivu je členem Vědecké archivní rady ministra vnitra jako jediný zástupce vysokoškolských archivů. V rámci tohoto členství se v roce 2003 podílel na přípravě zákona o archivnictví a spisové službě a na vypracování informativních podkladů pro jednání předkladatele zákona v parlamentu. Je rovněž členem zkušebních komisí pro státní závěrečné a státní rigorózní zkoušky pro obory archivnictví a pomocné vědy historické na FF MU. Pracovnice archivu dr. Kalendovská je předsedkyní brněnské pobočky Společnosti pro dějiny věd a techniky a členkou celostátního výboru této společnosti. Archiv má své zastoupení v redakčních radách Archivního časopisu, Časopisu Společnost pro dějiny věd a techniky a kulturní revue Prostor Zlín.