Příprava projektu vyžaduje, aby každý účastník znal v potřebném rozsahu pravidla účasti v 6.RP. Projekt zpravidla připravuje mezinárodní konsorcium. Konsorcium by od počátku mělo mít koordinátora, který přípravu vede. Během přípravy je třeba vyjasnit

• o jaký typ projektu půjde (jaký nástroj bude použit) zda o  integrovaný projekt, sítě excelence, STREP atd.
• zda členové konsorcia splňují podmínky kladené na účastníky (např. výzkumných projektů se mohou účastnit jen ti, kdo výzkum provádějí nebo ti, kdo používají jeho výsledků, u studijních pobytů rozhoduje věk a kvalifikace, atd.);
• zda při zamýšleném typu projektu splňuje konsorcium minimální podmínky na něj kladené;
• v jaké roli se jednotliví členové konsorcia zúčastní projektu. Je třeba splnit minimální podmínky na kontraktkory pokud jde o jejich původ (z členských států EU či mimo země EU). Přehled pravidel pro účast zemí, které nejsou v EU jsou ke stažení  zde 1 a 2

Příprava návrhu projektu
Příprava projektu je zpravidla dosti náročná. Náročnost nevyplývá z administrativní zátěže, ale z nutnosti dospět ke skutečně realizovatelnému návrhu projektu. Konsorcium, jehož členové chtějí uplatnit pouze svou vědeckou dokonalost, má malou šanci, že jeho projekt bude přijat. Žádný člen konsorcia nemůže pouze pasivně plnit koordinátorovy pokyny, ale měl by se hlouběji seznámit se všemi důležitými fázemi procesu přípravy projektu.

Financování projektů
Každý účastník se musí seznámit s pravidly financování projektů, neboť jedině v souladu s těmito pravidly může odhadnout celkový rozpočet své účasti a odvodit, jakou jeho část bude požadovat od Evropské komise (EK).

Výzvy k předkládání projektů
Projekty musí být v souladu s platnou (=otevřenou) výzvou k předkládání projektů , kterou vydala Evropská komise. Přehled těchto výzev je na adrese http://fp6.cordis.lu/fp6/calls_open.cfm . Ve výzvě je uvedena adresa a termín, kam a dokdy má být návrh projektu doručen.

Pracovní program a průvodce pro navrhovatele projektů
Detailní rozpracování témat, do kterých lze projekty předkládat je uvedeno v aktuální verzi pracovního programu ( Work programme) příslušného tematického  programu. Navrhovatelé projektů mají rovněž k dispozici průvodce (Guide for Proposers). Prní díl je společný pro všechny programy 6.RP. Druhý díl je naproti tomu specifický pro každý program a je vždy k dispozici spolu s dalšími informacemi u jednotlivých otevřených výzev.

Formuláře pro návrh projektu
Formuláře návrhu projektu sestávají ze dvou částí. Část A má administrativní charakter, v části B je zevrubně popsáno řešení projektu. Hlavní tíha vyplňování formulářů leží na koordinátorovi, avšak výsledná úroveň návrhu je dána kvalitou příspěvků, které mu poskytli jednotliví členové řešitelského konsorcia. Formuláře lze vyplnit a následně zaslat buď v papírové nebo elektronické podobě.

Kritéria hodnocení projektů
Všechny projekty (až na malé výjimky) jsou hodnoceny podle stejných pěti kritérií:

1. Relevance
2. Potenciální vliv
3. Vědecká / technická výlučnost (4/5) - Excelence účastníků (NoE)
4. Kvalita konsorcia (Stupeň integrace ) (4/5 NoE)
5. Kvalita managementu
6. Mobilizace zdrojů (u NoE není)

Tematické a specifické programy se liší ve svých důrazech na tato kritéria. Pro celý 6.RP existuje jen jeden manuál pro posuzování návrhů projektů, který obsahuje doplňky specifické pro příslušný tematický či specifický program. Projekt je třeba koncipovat tak, aby bylo dosaženo co nejvyššího souhrnného hodnocení ze všech kritérií.